和先入城登基再谒孝陵有着巨大的政治意义区别。若先谒孝陵再入城登基，乃是报于祖先，向天下宣示桂王得位极正，此举等同于当日成祖靖难；可若先登基再谒孝陵，这就说明桂王政权不忠不孝，这对日后桂王登基称帝的合法与正统性很是不利。
周延儒也回过神来了，他亲自操持监国之事，就是想借此事整合南方势力以对抗有可能南下的靖北军，作为谋划刺杀李兴之的主使之人，他知道一旦靖北军渡江，自己的九族恐怕立时便要锁拿京师，故而忘记了祭拜孝陵之事，这会连忙借口道：“殿下入城，正是为祭拜太祖陵寝而来。”
马士英、史可法二人这会也反应过来，亦是跪伏于地，恭请桂王祭拜孝陵。
围观的文人士子，军民百姓看到官员们簇拥车驾直奔钟山，亦是纷纷跪拜，山呼万岁，跟着车驾往钟山方向而去。
祭拜完孝陵，桂王车驾走正阳门入宫，至社稷坛，升宝座，行监国之礼。
桂王遂从诸臣所请正式登坛祭天，监国称制，行告天之礼时，早上有甲士设香案于社稷坛上，设驾大乐鸣钟鼓监国殿下身着冕服扵社稷坛上，文武百官身着朝服于社稷坛左右，行八拜礼。
社稷坛两侧是千余靖南军直属，一个个手执金瓜，斧钺，端得威风凛凛，至于那些金瓜却是花架子，皆是木制，刷满金漆而已。
待监国祭天完毕，诸臣纷纷拜倒，恭祝监国殿下千岁。
桂王即以监国名义授原凤阳巡抚史可法为东阁大学士兼领礼部侍郎，入阁办事；马士英加东阁大学士、兵部尚书、右副都御史衔，改任凤阳总督，又以原詹事府詹事姜曰广为礼部左侍郎，与原礼部尚书王铎，二人皆兼东阁大学士入阁办事。以张慎言为吏部尚书，召刘宗周为都察院左都御史。
原崇祯朝内阁首辅周延儒为礼部尚书，武英殿大学士，拥立功臣钱谦益为户部尚书，路振飞为吏部尚书、吕大器为工部尚书，原南都留守太监韩赞周、卢九德二人为司礼监秉笔太监，诚意伯刘孔诏为提督操江，魏国公徐允爵总督南直隶军马。
福建提督郑芝龙，授平南侯，闽浙总督、原庐州总兵刘良佐授东平伯，安庆总兵、原泗州总兵李芳改任镇江总兵，拱卫南都。
这样的安排也是题中应有之义，毕竟朱常瀛此刻只是监国，内阁首辅只能降级任命，同时又能笼络南都勋贵以及南渡的各路总兵。
行完监国之礼，魏国公徐允爵和内阁首辅周延儒又献上早已准备妥当的监国之宝，率领南都诸官向朱常瀛山呼千岁。
在韩赞周替桂藩接过玉玺后，桂王便洪声说道：“去岁山东逆军入京，天崩地裂，皇帝大行，孤德行浅薄，本不堪社稷之重，然诸官力请之，孤又恐海内无主，大明社稷倾颓，故权掌军国重务，以待寻回天子骨血，诸君务必戮力同心，共伐逆军，前者阁臣史公有言，逆军势大难制，唯联络东虏，行以夷制逆之计，或能剿除逆军，为国家拨乱反正，孤深以为之，今逆军云集中原，不日南下，为大明计，为社稷计，孤有意遣官航辽，借东虏之强兵，挽天地之将倾！”